El CONICET, MINCyT e INDEAR formaron una sociedad para adquirir el primer Secuenciador de Alto Rendimiento de Argentina: el secuenciador de genomas FLX de 454 Life Sciences, una compañía de Roche.
INDEAR fue elegido como sede de la plataforma de secuenciación de genomas y proporcionoará servicios a toda la comunidad científica de Argentina así como también a empresas privadas.
La tecnología de pirosecuenciación de la plataforma GS FLX ofrece una función de combinación innovadora de lecturas largas (de aproximadamente 1 millón de lecturas de 400 nucleótidos de longitud por corrida), precisión excepcional y alto rendimiento. En la página web de 454 se puede encontrar una descripción concisa del proceso de secuenciación, desde la generación de bibliotecas hasta el análisis de datos.
La plataforma GS FLX tiene los siguientes beneficio:
• 300-560 millones de bases con mas de 1.000.000 de lecturas de alta calidad por corrida
• 99% de precisión a partir de la base número 400, y mayor a 99% en las bases precedentes (q20=4000)
• la secuenciación unidereccional pasa las 400 bases con la química Titanium
• Capacidad de procesar ADN y ARN desde varias fuentes.
• Etiquetas de identificación Múltiple (MIDs – abreviatura en inglés) permite la agrupación de muestras luego de la construcción de las bibliotecas para reducir el gasto y maximizar la salida de datos.

Multiplexado de muestras
Se puede dividir físicamente el dispositivo PTP en regiones más pequeñas (2, 4, 6, 16). Esto permite la secuenciación simultánea de múltiples muestras en un solo PTP, manteniendo la identidad única.

La Tabla Nº 1 muestra las opciones de formato y las lecturas por región de FLX y FLX Titanium.

 Tabla 1: Lecturas por región de FLX y FLX Titanium. Rendimiento de la corrida refiere a condiciones óptimas y dependerá de las propiedades de las muestras. Fuente: http://www.454.com.

Identificadores MID

Los MID (Multiplex Identifiers en inglés) son etiquetas de secuencia de 10 nucleótidos que pueden agregarse al diseño de los adaptadores utilizados para la construcción de bibliotecas, entre el key de secuenciación y el oligo específico del templado, y ayudan a determinar la fuente de la lectura. Actualmente, Roche tiene 151 identificadores MID diferentes. Las muestras etiquetadas con MIDs pueden ser agrupadas para la amplificación simultánea y la secuenciación en una sola región. Cada MID es reconocido por el sistema de análisis, lo que permite agrupar de forma automática y analizar las lecturas que contienen MID.

Para solicitar muestras o tratar un proyecto contáctese con Gaston Westergaard (services@indear.com)